Miejsce sprawowania Eucharystii i przechowywania Najświętszego Sakramentu. Prezbiterium znajduje się w południowej części świątyni kościoła górnego. Jego centralne miejsce zajmuje kamienny ołtarz.
Mensa ołtarza została zbudowana z jednolitej bryły piaskowca i opiera się na kamiennej podstawie. Na frontonie mensy widzimy mozaikę przedstawiającą Baranka Paschalnego, a po jego obydwu stronach, także wykonany w mozaice, ornament: krzyż wpisany w koło.
Po prawej stronie ołtarza znajduje się ambona wykonana również z piaskowca, która ma formę katedry. Jest ona nieco wysunięta w kierunku nawy. Na frontonie ambony znajdują się wykonane w mozaice symbole Czterech Ewangelistów: człowiek (Mateusz), lew (Marek), wół (Łukasz) i orzeł (Jan).
W głębi, za ołtarzem na podwyższeniu zostało umieszczone krzesło celebransa oraz siedzenia dla koncelebransów i usługujących lektorów i ministrantów.
Na ścianie za ołtarzem i nad siedzeniami umieszczono znacznych rozmiarów mozaikę (ponad 40 metrów kwadratowych), W jej centralnym miejscu widzimy postać Chrystusa Zmartwychwstałego (4,3 metra wysokości) który stoi w Wieczerniku. Po prawej i lewej stronie stronie Jezusa znajdują się Apostołowie - po 5 osób. Są oni ogarnięci blaskiem promieniującym od Chrystusa. jeden z nich trzyma chleb a inny dwie ryby. Chrystus został przedstawiony w białej i lśniącej szacie symbolizującej pełnię życia i jego udzielanie, a Apostołowie mają szaty kolorowe.
Po prawej stronie centralnej mozaiki, na oddzielnej ścianie, znajdują się postacie Apostołów: Tomasza - nieobecnego w dniu Zmartwychwstania - i Maciej wybrany w miejsce Judasza.
W obrębie prezbiterium, po lewej stronie od ołtarza, zostało umieszczone tabernakulum. Na drzwiach znajdują się pierwsza i ostatnia litera greckiego alfabetu - symbol Chrystusa, Tego, który jest "wczoraj, dziś i na wieki". Pod tabernakulum znajduje się odpowiednia półka z piaskowca oparta na podobnej podstawie gdzie możemy dostrzec dwie ryby i chleb, co nawiązuje do posiłku przygotowanego posiłku przez Zmartwychwstałego Pana dla swoich uczniów. Nad tabernakulum - także w mozaice - widzimy otwarte drzwi namiotu - co nawiązuje do "namiotu spotkania" w okresu wędrówki narodu wybranego do Ziemi Obiecanej. Miejsce przechowywania Najświętszego Sakramentu adorują postacie dwóch aniołów.
Prezbiterium jest zwieńczone pozłoconym krzyżem znajdującym się kilka metrów nad przedstawioną w mozaice postacią Chrystusa Zmartwychwstałego. Między krzyżem a obrazem znajduje się witraż umieszczony w dwóch wąskich oknach o wysokości ponad 6 metrów. Witraż przedstawia pień krzewu winnego oraz gałęzie krzewu cierniowego. Treść witraża niesie przesłanie: Chrystus przez cierpienie i śmierć na krzyżu stał się źródłem nowego życia i niezawodnej nadziei dostępnych dla wierzących.
Wnętrze świątyni, ołtarz, a szczególnie tabernakulum wskazują na trwała tajemnicę Obecności Boga dostępną dla wierzących.